Переподчинение Калининградской областной таможни Северо-Западному таможенному управлению позволит наладить более тесное взаимодействие таможенных органов, ускорить оформление товаров и усилить правоохранительный блок.
Морское и сухопутное сообщение эксклава осуществляется преимущественно через территории, входящие в регион деятельности СЗТУ. Переподчинение Калининградской областной таможни будет способствовать улучшению транспортной логистики, и как следствие, ускорению таможенного оформления товаров, следующих из Калининградской области в «большую» Россию.
Контроль за КОТ осуществляют в том числе иные государственные контролирующие и надзорные органы, расположенные в Северо-Западном федеральном округе. Объединение структурных подразделений позволит повысить эффективность взаимодействия с ними и быстрее реагировать на внештатные ситуации.
Существует необходимость организации комплексного сопровождения оперативно-разыскной деятельности в регионе.